Meilleur logiciel de facturation auto-entrepreneur et EI : le comparatif
Comparatif des logiciels de facturation pour auto-entrepreneur et EI au réel : prix réels, registres, Urssaf, TVA et Déclaration 2035. Vérifié en octobre 2026.
À propos de l'auteur du blog
Conformité et pilotageFlorian.A
Fondateur de FluxMicro
Issu d'une formation financière et comptable, avec une expérience en audit dans un grand cabinet internationalement connu, je construis FluxMicro avec une exigence forte de culture comptable et de conformité pour aider les auto-entrepreneurs à piloter leur activité avec un outil clair et vraiment utile.
La plupart des comparatifs de logiciels de facturation classent les outils sans jamais dire sur quel critère. Résultat : on te vend un « top 5 » où le premier est simplement celui qui rémunère le mieux la page.
Cet article prend le problème dans l'autre sens. On pose d'abord les critères qui comptent quand on est indépendant en France, auto-entrepreneur en régime micro ou entreprise individuelle au réel, puis on regarde ce que chaque outil annonce sur son propre site, tarifs à l'appui. Tu peux aussi tester tout de suite avec le générateur de facture gratuit ou le générateur de devis gratuit.
Quel est le meilleur logiciel de facturation pour un indépendant ?
Il n'y en a pas un seul. Pour facturer gratuitement sans limite, Henrri, Tiime et Facture.net sont difficiles à battre. Pour un compte pro et des déclarations télétransmises, Indy. Pour le suivi complet au prix le plus bas, FluxMicro : gratuit au micro pour l'essentiel, 5 €/mois HT pour la TVA et la Déclaration 2035 au réel BNC. Le bon choix dépend de ce que tu dois déclarer après la facture.
Les six critères qui comptent vraiment
Avant de regarder les prix, il faut savoir ce qu'on compare. Six critères font la différence entre un outil qui te fait gagner du temps et un simple générateur de PDF.
Le prix réel, pas le prix d'appel
Un « à partir de » ne veut rien dire si la fonction dont tu as besoin est deux paliers plus haut, ou si ton statut change le prix. Regarde le prix du plan qui contient réellement ce que tu cherches, pour ton statut.
Les registres
Livre des recettes et registre des achats : obligatoires au micro, et socle de ta déclaration de résultats au réel. Beaucoup d'outils ne les tiennent pas, ou les réservent à une offre supérieure.
La préparation de la déclaration Urssaf
Au micro, tu déclares ce que tu as encaissé, pas ce que tu as facturé. L'outil doit savoir faire cette différence.
Les seuils et la TVA
Franchise en base de TVA et plafonds du régime micro : mieux vaut être alerté avant de les franchir. Et dès que tu factures la TVA, au micro comme au réel, ta déclaration de TVA (CA3) doit suivre.
La Déclaration 2035, si tu es au réel BNC
C'est la déclaration de résultats de l'entreprise individuelle en bénéfices non commerciaux : recettes, dépenses par rubrique, amortissements. Très peu d'outils de facturation la préparent.
La plateforme agréée pour la facturation électronique
La vraie question n'est pas « est-ce conforme ? » mais « par quelle plateforme agréée passent mes factures ? ».
Ce que la réforme t'oblige vraiment à faire
Il faut corriger une erreur qui circule beaucoup. On lit souvent que « depuis septembre 2026, les auto-entrepreneurs ne peuvent plus émettre de factures PDF ». C'est faux, et ça pousse à changer d'outil pour de mauvaises raisons.
Deux dates structurent la réforme :
- 1er septembre 2026 : toute entreprise assujettie doit être capable de recevoir une facture électronique, franchise en base de TVA comprise. Cela suppose d'être raccordé à une plateforme agréée.
- 1er septembre 2027 : les PME et micro-entreprises, au micro comme au réel, doivent émettre leurs factures vers leurs clients professionnels français et transmettre en e-reporting les données de leurs autres opérations.
Une facture remise à un particulier peut donc rester un PDF ou du papier après 2027. Le détail est dans notre guide sur la facturation électronique.
Le comparatif des prix
Premier tableau : ce que coûte chaque solution. Tarifs relevés le 13 octobre 2026 sur les sites officiels, pour le profil micro-entreprise quand le prix dépend du statut.
| Outil | Offre gratuite | Premier plan payant | Équivalent annuel |
|---|---|---|---|
| FluxMicro | ✅ Devis, factures, registres, Urssaf, seuils | ✅ Basic à 2 €/mois HT | ✅ 16,80 € HT par an |
| Easy Fac | ✅ 3 documents par mois, 5 clients | ✅ Pro à 4,99 €/mois | ✅ 49 € par an |
| EasyFacture | ✅ Sans limite jusqu'au 1er septembre 2027 | ✅ 6 €/mois ensuite | ✅ 60 € par an |
| Abby | ✅ Basique à 0 € | ✅ Start à 11 €/mois HT, 9 € en annuel | ✅ 108 € HT par an |
| Indy | ✅ Essentiel à 0 €, avec compte pro | ✅ Plus à 12 €/mois HT, 9 € en annuel | ✅ 108 € HT par an |
| Facture.net | ✅ Gratuit, sans limite annoncée | ✅ Facture+ à 9,90 €/mois HT | ✅ 108,90 € HT par an |
| Tiime | ✅ Free à 0 €, illimité | ✅ Initial à 9,99 €/mois HT, avec compte pro Tiime obligatoire | ✅ 119,88 € HT par an |
| Freebe | - Essai de 30 jours | ✅ Offre unique, 15 €/mois TTC en micro, 12,50 € en annuel | ✅ 150 € TTC par an en micro, 300 € TTC en EI |
| Henrri | ✅ Pro à 0 €, illimité | ✅ Expert à 19 €/mois HT, 17 € en annuel | ✅ 204 € HT par an |
| Superindep | ✅ Logiciel de facturation offert | ✅ Basique à 19 €/mois HT, 22,80 € TTC | ✅ 16,58 €/mois HT en annuel |
Easy Fac et EasyFacture n'indiquent pas si leurs montants sont HT ou TTC ; ils sont repris tels qu'affichés. Chez FluxMicro, Premium, à 5 €/mois HT ou 42 € HT par an, ajoute la déclaration de TVA et la Déclaration 2035.
Le comparatif du périmètre, au micro
Le prix ne suffit pas. Voici ce que chaque outil couvre au-delà de la facture, d'après ce que son site annonce.
| Outil | Livre des recettes | Préparation Urssaf | Seuils TVA | Plateforme agréée |
|---|---|---|---|---|
| FluxMicro | ✅ Dès le plan gratuit | ✅ Dès le plan gratuit | ✅ Dès le plan gratuit | ✅ SuperPDP, avec l'offre Basic |
| Abby | ✅ Livre des recettes et achats dès l'offre gratuite | ✅ Estimation gratuite, déclaration en Start | ✅ Alertes dès l'offre gratuite | ✅ Abby est elle-même plateforme agréée, gratuite |
| Indy | ✅ En Autonomie, à 15 €/mois HT en annuel, pour les micro-BNC | ✅ Télétransmission en Autonomie | ✅ Suivi en Plus | ✅ Indy est elle-même plateforme agréée, dans toutes les offres |
| Henrri | ○ Non mentionné | ○ Non mentionnée | ○ Non mentionnés | ✅ Via une plateforme agréée partenaire, dès l'offre gratuite |
| Freebe | ✅ Recettes et achats générés | ✅ Déclaration Urssaf pré-remplie | ✅ Suivi des plafonds de CA et de TVA | - Conformité 2026 annoncée, plateforme non nommée |
| Tiime | ✅ Livre de recettes et registres dès l'offre gratuite | ○ Annoncée « bientôt » en Initial | ✅ Suivi des seuils en Initial | ✅ Plateforme agréée Tiime, offre gratuite |
| Superindep | ✅ Livre des recettes et achats dans le logiciel gratuit | ✅ Déclarations de chiffre d'affaires automatisées en Basique | ✅ Alertes de seuils | ✅ Via SuperPDP |
| Facture.net | ○ Non mentionné | ○ Non mentionnée | ○ Non mentionnés | ✅ Via SuperPDP |
Le comparatif TVA et réel
Dès que tu factures la TVA, ou si tu es en entreprise individuelle au réel, deux déclarations s'ajoutent : la déclaration de TVA et, au réel BNC, la Déclaration 2035. C'est là que les écarts sont les plus grands.
| Outil | Déclaration de TVA | Déclaration 2035 (EI au réel BNC) | Statuts couverts |
|---|---|---|---|
| FluxMicro | ✅ CA3 préparée et contrôlée avec Premium, 5 €/mois HT, à recopier sur impots.gouv.fr | ✅ Préparée et contrôlée avec Premium, 5 €/mois HT, à recopier | ✅ Micro et EI au réel BNC |
| Indy | ✅ Automatisée et télétransmise en Autonomie | ✅ Télétransmise aux impôts et à l'AGA, Autonomie EI à 22 €/mois HT en annuel | ✅ Micro, EI en BNC ou à l'IS, sociétés, SCI |
| Abby | ✅ Calculée et préparée en Pro, 19 €/mois HT ou 15 € en annuel | ○ Non mentionnée | ✅ Micro, EI, sociétés, SCI |
| Superindep | ✅ Automatisée en Sérénité, 39 €/mois HT | ○ Non mentionnée | - Micro-entrepreneurs et artistes-auteurs |
| Freebe | - TVA collectée et déductible suivies, déclaration non mentionnée | ○ Non mentionnée | ✅ Micro, EI, sociétés |
| Tiime | - TVA mise à disposition par le cabinet comptable | ○ Non mentionnée | ✅ Micro-entreprises et entreprises avec salariés |
| Henrri, Facture.net, EasyFacture, Easy Fac | ○ Non mentionnée | ○ Non mentionnée | - Variables selon l'éditeur |
Aucun outil de ce comparatif n'annonce la déclaration 2031 du réel BIC, Indy indiquant explicitement ne pas la gérer. FluxMicro ne la couvre pas non plus. Pour FluxMicro, l'envoi direct aux impôts est en cours de contractualisation avec notre partenaire agréé ; en attendant, tu recopies tes montants, c'est la même déclaration.
Quel outil pour quel profil ?
Tu veux facturer gratuitement, sans rien d'autre
Henrri, Tiime et Facture.net annoncent une facturation gratuite sans limite de documents. Sur ce besoin précis, payer serait inutile. Tiime ajoute une plateforme agréée intégrée, un livre de recettes et des registres dès l'offre gratuite.
Tu veux un compte bancaire professionnel intégré
Indy propose un compte pro avec IBAN français, carte Mastercard et virements dès l'offre Essentiel à 0 €. Aucun autre outil de cette comparaison ne fait la même chose gratuitement. Notre article sur les alternatives à Indy précise ce que contient chaque palier.
Tu veux déléguer au maximum
Superindep combine outil et accompagnement humain, à partir de 19 €/mois HT, et automatise la TVA à partir de 39 €/mois HT. Freebe propose une offre unique avec synchronisation bancaire et Urssaf pré-remplie, dont le prix dépend de ton statut. Ce sont des options plus chères, avec un périmètre plus large.
Tu factures la TVA, au micro comme au réel
Abby Pro, Indy Autonomie, Superindep Sérénité et FluxMicro Premium préparent tous ta déclaration de TVA. Les prix vont de 5 €/mois HT chez FluxMicro à 39 €/mois HT chez Superindep. Indy et Superindep annoncent aussi la télétransmission.
Tu es en entreprise individuelle au réel BNC
Deux outils annoncent ta Déclaration 2035. Indy la prépare et la télétransmet avec sa comptabilité automatisée, pour 22 €/mois HT en annuel. FluxMicro la prépare et la contrôle avec Premium, pour 42 € HT par an, à partir de tes factures, de tes dépenses rangées ligne par ligne et de tes immobilisations.
Tu veux le suivi complet au prix le plus bas
C'est le positionnement de FluxMicro, le logiciel de facturation des indépendants, auto-entrepreneur en régime micro comme entreprise individuelle au réel. Autant être factuel sur ce qu'il est et ce qu'il n'est pas.
Dès le plan gratuit : devis, factures, acomptes et avoirs, suivi des encaissements, livre des recettes, registre des achats, préparation de la déclaration Urssaf et suivi des seuils de TVA. Basic, à 2 €/mois HT ou 16,80 € HT par an, ajoute l'e-mail illimité, ton logo, les relances automatiques, les devis acceptés en ligne, les justificatifs et la facturation électronique via SuperPDP. Premium, à 5 €/mois HT ou 42 € HT par an, s'adresse à tous ceux qui ne sont pas en franchise de TVA, micro-entrepreneurs qui collectent la TVA compris : CA3 préparée et contrôlée, et au réel BNC, Déclaration 2035 préparée. Le détail est sur la page tarifs.
C'est le premier plan payant le moins cher de ce comparatif. En contrepartie, FluxMicro ne propose ni compte bancaire, ni synchronisation bancaire, ni paiement en ligne, ni réel BIC, ni sociétés, et ne remplace pas un expert-comptable. Il se concentre sur les indépendants en nom propre, et c'est ce qui permet ce tarif.
Tester FluxMicro gratuitement
Devis, factures, registres et Urssaf gratuits. TVA et Déclaration 2035 avec Premium à 5 €/mois HT. Sans carte bancaire.
Créer mon compteLes comparatifs détaillés outil par outil
Pour chaque outil, une comparaison dédiée, avec les tarifs vérifiés et les cas où le concurrent reste le meilleur choix :
- Alternative à Abby : la suite la plus large, avec une offre gratuite déjà complète au micro.
- Alternative à Indy : compte pro gratuit et Déclaration 2035 télétransmise, mais livre des recettes et déclarations payants.
- Alternative à Henrri : la facturation gratuite illimitée, sans les déclarations.
- Alternative à Factureasy : ce que recouvre ce nom et les outils français voisins.
Comment choisir en pratique
Le plus efficace n'est pas de lire dix comparatifs, mais de partir de ta situation réelle.
Si tu débutes au micro et que tu factures peu, commence par une offre gratuite et vois ce qui te manque au bout de deux mois. Si tu passes déjà du temps sur ton suivi administratif, regarde qui tient les registres et prépare l'Urssaf. Si tu factures la TVA ou si tu es au réel, compare d'abord qui prépare ta CA3 et ta Déclaration 2035, et à quel prix pour ton statut. Si ton client te demande une facture électronique, vérifie la plateforme agréée de ton éditeur.
Changer d'outil ne t'oblige pas à migrer tout ton historique. Tu peux tester sur tes prochaines factures et ne trancher qu'ensuite ; au réel, le début d'exercice est le moment le plus simple.
Questions fréquentes
Les réponses concrètes pour choisir un logiciel de facturation, au micro comme au réel.
Quel est le logiciel de facturation le moins cher pour un indépendant ?
Parmi les outils comparés le 13 octobre 2026, plusieurs offres gratuites existent, notamment Henrri, Tiime, Facture.net, Abby, Indy et Superindep. Sur les plans payants, FluxMicro affiche le tarif le plus bas de ce comparatif, à 2 €/mois HT ou 16,80 € HT par an, devant Easy Fac à 4,99 €/mois.
Quel logiciel pour une entreprise individuelle au réel ?
Au réel BNC, deux outils de ce comparatif annoncent la Déclaration 2035, la déclaration de résultats de l'entreprise individuelle en bénéfices non commerciaux : Indy, qui la télétransmet en Autonomie EI à 22 €/mois HT en annuel, et FluxMicro, qui la prépare avec Premium à 5 €/mois HT. Aucun n'annonce la déclaration 2031 du réel BIC.
Un logiciel de facturation est-il obligatoire ?
Non, aucun texte n'impose un logiciel en particulier. En revanche, tu dois émettre des factures conformes, tenir tes registres et, depuis le 1er septembre 2026, être capable de recevoir une facture électronique via une plateforme agréée. Un outil sert à rendre ces obligations tenables.
Les logiciels gratuits sont-ils fiables ?
Oui pour la facturation elle-même : plusieurs éditeurs annoncent une offre gratuite sans limite de documents. La vraie limite est le périmètre : la gratuité s'arrête souvent avant la déclaration Urssaf, la TVA, la télétransmission ou l'envoi d'e-mails sans quota.
Faut-il changer de logiciel à cause de la facturation électronique ?
Seulement si ton outil actuel ne prévoit pas de raccordement à une plateforme agréée. La réception est obligatoire depuis le 1er septembre 2026, et l'émission le deviendra au 1er septembre 2027 pour les petites entreprises. Pose la question à ton éditeur avant d'envisager un changement.
Quel logiciel tient le livre des recettes gratuitement ?
D'après les sites officiels consultés le 13 octobre 2026, Abby, Tiime et Superindep l'incluent dans leur offre gratuite, et FluxMicro dans son plan gratuit. Chez Indy, il figure sur l'offre Autonomie à 15 €/mois HT en annuel, pour les micro-BNC.
Ces comparatifs sont-ils mis à jour ?
Les tarifs cités ont été relevés le 13 octobre 2026 sur les pages officielles des éditeurs, avec une promotion d'automne de -10 % en cours chez Abby. Les prix changent régulièrement : considère ce comparatif comme un point de départ et confirme sur le site de l'éditeur.
En résumé
Il n'existe pas de meilleur logiciel de facturation universel, mais des réponses différentes selon ce que tu dois déclarer après la facture.
Pour facturer gratuitement, Henrri, Tiime et Facture.net suffisent. Pour un compte pro et des déclarations télétransmises, Indy. Pour déléguer, Superindep ou Freebe. Pour couvrir le périmètre complet au tarif le plus bas, du micro au réel BNC, FluxMicro : gratuit pour l'essentiel, 2 €/mois HT pour Basic, 5 €/mois HT pour la TVA et la Déclaration 2035.
De la facture à la déclaration, au micro comme au réel
Devis, factures, registres et Urssaf gratuits. TVA et Déclaration 2035 avec Premium à 5 €/mois HT.
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Gratuit pour démarrer, puis 2 € par mois
Devis, factures, livre des recettes et préparation Urssaf sont inclus gratuitement. L'offre Basic ajoute les envois illimités, la personnalisation avec logo et la facturation électronique.
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